Ubrzo nakon povratka na vlast 1860. godine, Miloš Obrenović je uvideo problem vojnog organizovanja i obrazovanja koji je nastao odlaskom Zaha, pa ga je ponovo pozvao da preuzme rukovođenje Vojnom akademijom. Zah je to prihvatio, ali pod čvrstim pisanim garancijama, koje su mu date. Tako se Zah vraća na čelo Vojne akademije 01. juna 1860. godine.
Poseban period nastaje u vreme vladavine Mihaila Obrenovića, koji se usmerio na oslobodilačku borbu protiv Turaka. Franja Zah je tada dobio veliku podršku za razvoj svojih ideja u vezi odbrane Srbije. Na Zahovu inicijativu, razvijana je srpska vojska, uvećano njeno brojno stanje, i vršeno naoružavanje i modernizacija. Osim upravljanja Vojnom akademijom, Zah je ponovo počeo da radi na implementaciji plana, koji je razvio nekoliko godina ranije. Stvorena je neka vrste opšte nacionalne milicije, a Zah je učestvovao u izradi plana opremanja i pripreme svih građana za odbranu.
Do operativne realizacije vojnih aktivnosti došlo je 1862. godine. Tada je izbio sukob Turaka i Srba u Beogradu, nakon što je kod Čukur-česme ubijen srpski dečak. Eskalacija sukoba dovela je do turskog bombardovanja beobradske varoši. Zbog nastale situacije, Zah je kneževim ukazom unapređen u potpukovnika i imenovan za glavnog komandanta odbrane grada (srpskim policijskim snagama u gradu tada je upravljao Mihailo Barlovac, a vojnim Ranko Alimpić). Sa pozicije glavnokomandujućeg, razmišljao je da sa svojim pitomcima uzvrati artiljerijskom vatrom, ali je od toga, iz više razloga, odustao. Zahova komandantska sposobnost imala je uticaja na odbranu glavnog grada. Na kraju je taj sukob doveo do oslobođenja Beograda i tri druga grada od turske okupacije.
Za vreme Mihaila Obrenovića, pod mentorstvom Franje Zaha, srpska vojska je od 3.530 vojnika, izrasla u silu sa 90.000 ljudi pod oružjem. Osnovni nedostatak, sa kojim se Zah sve vreme susretao i borio, bile su slabe mogućnosti opremanja srpske vojske kvalitetnim naoružanjem, municijom i opremom. Nacionalni konflikti na Balkanu su jačali, a takođe jačala je narodnooslobodilačka borba protiv Turaka. Zah je očekivao i procenjivao da je za tu borbu potrebno ujediniti Srbe, Bugare i Grke. Zbog toga je ispoljio značajnu inicijativu za diplomatske poslove unutar balkanskih naroda. Najveći uspeh Zaha jeste dogovor sa tadašnjim grčkim kraljem Đorđem I kada je u Atini 1868. godine, ratifikovao vojnu konvenciju. Prilog konvenciji bio je tajni vojni savez između Srbije i Grčke protiv Turske. Prethodno je ostvaren dogovor sa Bugarskom i Crnom Gorom. Kada je konvencija 1868. godine ratifikovana, Prvi Balkanski savez postao je stvarnost. Ozbiljni pregovori za pristupanje savezu vođeni su i sa Rumunijom.
Nakon atentata i pogibije kneza Mihaila Obrenovića u Topčiderskom parku 1868. godine, stvari u Srbiji su se značajno izmenile. To je uticalo da Franja Zah, iako najstariji pukovnik u Vojsci Srbije, bude potisnut iz najviših vojnih krugova. Razočaran novonastalim odnosima u Srbiji i u vojnom koru, proveo je duži odmor u Češkoj i Moravskoj. U Srbiju se, na zahtev kneza Milana Obrenovića, vratio tek 1870. godine. Tada se desio za njega značajan događaj, jer je izabran za člana Srpskog učenog društva, čime je verifikovao svoj dugogodišnji obrazovni i pedagoški rad. Nadalje, kako više nije učestvovao u kreiranju državne politike i diplomatije, Zah je imenovan za prvog ađutanta kneza. Vrhunac svoje životne karijere Franja Zah je dostigao 1875. godine (u svojoj 68. godini života). Povodom 25 godišnjice Vojne akademije unapređen je u čin generala i postavljen je za načelnika Generalštaba Vojske Srbije. Međutim, već od naredne 1876. godine, za njega počinje posebna životna drama, koja ga je pratila do kraja života.
Zaha je duboko dirnuo poraz srpske vojske na Kalipolju i Javoru 1876. godine. U tom, za Srbiju preuranjenom ratu sa Turskom, Zah je želeo da svoje nekadašnje pitomce povede u oslobodilačku borbu i potvrdi ono čemu ih je neprestano učio u akademiji. Iako tada nije izgubljen niti pedalj srpske zemlje, Zah je izgubio bitku, izgubio je nogu i, što je još gore, izgubio je nekoliko desetina vrsnih srpskih junaka. Preispitivanje tih događaja, pratilo ga je do kraja života. Nakon njegovog ličnog neuspeha na ratištu i početka trajnog invaliditeta, dalji boravak u Srbiji bilo je samo časno obavljanje vojničke službe u Vojsci Srbije, koju je i sam stvarao i gradio. U drugom srpsko-turskom ratu 1877-1878 godine, kao prvi ađutant kneza Milana, samo je pomagao savetima. U Srbiji je ostao sve do penzionisanja 31. marta 1883. godine, kada je otišao u rodnu Češku, iz koje više nije dolazio u Srbiju.
Autor: Prof. dr Jože Siváček, PhD